8) ClustalW (2012)

Apunte Catalán
Universidad Universidad Rovira y Virgili (URV)
Grado Bioquímica y Biología Molecular - 2º curso
Asignatura Bioinformática
Año del apunte 2012
Páginas 1
Fecha de subida 18/01/2015
Descargas 10
Subido por

Vista previa del texto

11. Com es fa al programa per a alinear mes de dues seqüencies? Necessitem un mètode progressiu que ens construeix l’alineament en dues línies. Primer de tot fan una matriu de distancies, que ens alinearà per parelles tots les combinacions possibles de les proteïnes que tenim de 2 en 2. I calcular el percentatge de similitud de la matriu construïda.
13. ClustalW es un programa per a construir alineaments múltiples. Podem usar el programa des del navegador.
Fem l’alineament i el programa no el tenim instal·lat. També le podem instal·lar al nostre ordinador i ens permet una mica mes de control que usar-lo des de internet. Hi ha dues versions de ClustalW: a partir d’un terminal, o de forma gràfica, el Clustal X.
14. No totes les posicions d’un alineament estan idènticament conservades.
15. Podem construir els logos a partir d’un multialineament i de cada columna es tradueix en una mena de consens. Si en una posició sempre hi ha una histidina col·locarà una H gegant.
...