Tema 2 (2014)

Apunte Catalán
Universidad Universidad Autónoma de Barcelona (UAB)
Grado Bioquímica - 2º curso
Asignatura Biocatàlisi
Año del apunte 2014
Páginas 4
Fecha de subida 11/02/2015
Descargas 26
Subido por

Vista previa del texto

María Monteserín Cuesta Judith González Gallego Biocatàlisi T2 Tema 2: CLASSIFICACIÓ I NOMENCLATURA DELS ENZIMS Estudiem els enzims des del punt de vista de la reacció que catalitzen i per tant, tant la nomenclatura com la classificació està dirigida en aquest concepte; no els classifiquem ni els anomenem per la seva estructura proteica sinó que els classifiquem per la seva activitat de manera que sota una mateixa nomenclatura podem trobar proteïnes amb estructures molt diferents.
NOMENCLATURA La nomenclatura d’enzims és un camp més ambigu que la seva classificació perquè hi ha enzims que fa molts anys que es coneixen i per tant, van ser anomenats sense seguir cap tipus de regles i amb noms que no estan relacionats ni amb la funció ni amb la característica i per tant, trobarem un grup d’enzims bastant nombrós que tenen un nom recomanat i un altre que la comunitat científica ha acceptat.
Generalment anomenem els enzims amb un nom que fa referència al tipus de substrat de la reacció que catalitzen (que pot ser reversible o irreversible). Sabem també que un enzim pot catalitzar dues reaccions o una mateixa reacció reversible i generalment en el seu nom porta el substrat més freqüent, el tipus de reacció que catalitza i el sufix –asa.
Tenim altres noms que s’han mantingut històricament tot i que sapiguem que en condicions fisiològiques no es produeix aquesta reacció, com per exemple la piruvat quinasa, que transforma el fosfoenol piruvat en piruvat. Aquesta reacció però, en condicions fisiològiques es dona en sentit contrari i és pràcticament irreversible de manera que necessitem altres enzims que permetin la via de la gluconeogènesi.
També les podem anomenar per característiques bioquímiques del seu centre actiu com per exemple les serinproteases, que tenen una serina en el seu centre actiu.
CLASSIFICACIÓ Els enzims es classifiquen segons el seu tipus d’activitat.
Totes les reaccions dels sistemes biològics es poden agrupar o trobar dintre d’un conjunt de grups que són anomenats classes. La comissió d’enzims quan vol identificar un enzim li dona un conjunt de números i per tant, es segueix un sistema numèric per la seva classificació, que sempre porta davant els sigles EC (enzime comision).
1 María Monteserín Cuesta Judith González Gallego Biocatàlisi T2 Primer número: classe Aquest ens informa sobre el tipus de reacció que catalitza l’enzim i trobem 6 classes diferenciades: Classe 1: oxidoreductases Són enzims que catalitzen reaccions redox.
Classe 2: transferases Enzims que catalitzen la transferència d’un grup d’un substrat a un altre i en aquest cas sempre tenim una reacció bisubstrat ja que un substrat actua com acceptor i l’altre com a donador.
Classe 3: hidrolases Enzims que intervenen en reaccions en que hi ha un substrat que es trenca en dos per efecte de l’aigua. Si la reacció que considerem és en un entorn aquós l’aigua és una constant del sistema i no l’hem de tenir en compte en la reacció de manera que passem d’un substrat a dos productes (reaccions anomenades uni-bi).
Classe 4: liases Enzims que en el seu mecanisme impliquen la participació de grups carboni – carboni, carboni – oxigen o carboni – nitrogen i provoquen reaccions de trencament o bé reaccions de síntesis però sense que en elles hi participi l’aigua i sense que sigui redox.
Un exemple d’aquesta reacció és la descarboxilació del piruvat. Normalment dins d’aquestes trobem dos tipus de reaccions:  Dos substrats que generen un producte i són anomenats sintases.
 Un substrat que genera dos productes i són anomenades descarboxilases 2 María Monteserín Cuesta Judith González Gallego Biocatàlisi T2 Classe 5: isomerases Classe 6: ligases Enzims que catalitzen reaccions on es produeix un procés de síntesis, una reacció de condensació però aquesta reacció per produir-se necessita l’energia de l’ATP o d’un altre nucleòtid trifosfat per tant, sempre estan associades a la presència i consum d’ATP o GTP per l’obtenció d’energia. Si tenim reaccions de síntesis en que participa l’ATP com a font d’energia aquestes reaccions s’anomenen sintetases i un exemple és la condensació del tRNA.
Número 2: subclasse El segon número de la classificació ens indicia la subclasse i ens dona més informació per la reacció. Dins de cada classe tenim una numeració diferent corresponent a la subclasse que pertoca.
Per exemple en la primera classe la subclasse ens diu quin és el grup de la reacció redox que passa de la forma reduïda a la forma oxidada, quina és la molècula que actua com a donador d’electrons. Entre d’altes pot ser: 1.
Alcohol 2.
Aldehid 3.
Grup metilè 4.
Grup carboni – hidrogen Aquest segon número ja ens diu quina és l’estructura del tipus de substrat que serà oxidat.
Número 3 Aquest número, continuant amb l’exemple de les oxidoreductases, ens diu quin és el tipus d’acceptor d’electrons que tenim.
Número 4 Aquest número ens diu una característica específica en relació a altres que compleixen els tres primers requisits.
3 María Monteserín Cuesta Judith González Gallego Biocatàlisi T2 Assignació i definició de la classificació Podria ser que la comissió d’enzims defineixi malament un enzim i per tant, quedi mal classificat. Si amb el temps els estudis demostren que aquell enzim té un mecanisme diferent la comissió rectifica i el canvia de lloc i per tant, li assigna una nova nomenclatura. Hem de tenir present que la seva nomenclatura anterior queda inutilitzada i no és assignada a un altre enzim.
Exemple: busquem un enzim Al buscar un enzim sempre trobarem: nom acceptat, altres noms, tipus de reacció que catalitza, nom sistemàtic, enllaç amb altres pàgines webs importants.
Observem el següent exemple: 4 ...