Apunts termes GO (BIA) (Part genètica) (2017)

Apunte Catalán
Universidad Universidad de Girona (UdG)
Grado Biología - 3º curso
Asignatura Bioinformàtica Aplicada
Año del apunte 2017
Páginas 12
Fecha de subida 01/07/2017
Descargas 0
Subido por

Descripción

Inclou la pràctica corresponent a la sessió de termes GO de la part genètica de l'assignatura de Bioinformàtica Aplicada (BIA) (Part genètica)

Vista previa del texto

Natalia Mingorance García 3r Biologia – UdG UNYBOOK: nattymg23 BIOINFORMÀTICA APLICADA Què són els termes GO?  característiques associades als gens. Tracta de definir quines propietats tenen aquelles seqüències.
Actualment estem generant moltes bases de dades i hem de donar un significat al que estem generant. Podríem estar estudiant un proteoma i ens interessa o necessites saber què són aquelles seqüències i el gene ontology permet descriure les seqüències amb una anotació que serà comuna.
Natalia Mingorance García 3r Biologia – UdG UNYBOOK: nattymg23 BIOINFORMÀTICA APLICADA Hi ha tres categories. La primera és la del procés biològic amb la qual està relacionada. Mitosi...
Funció molecular com si és una quinasa, funció transportadora...
Natalia Mingorance García 3r Biologia – UdG UNYBOOK: nattymg23 BIOINFORMÀTICA APLICADA Les tres categories són molt generals i trobem 3 subcategories. Dins de cada GO term podem trobar GO terms descendents o més que se’n deriven, més específics.
Descriuen característiques del gen.
Una proteïna tindrà diversos GO terms.
Manera d’anotar les seqüències.
Natalia Mingorance García 3r Biologia – UdG UNYBOOK: nattymg23 BIOINFORMÀTICA APLICADA Podem generar molta informació però el que ens interessa és donar-li una profunditat en aquest coneixement. Per fer-ho tenim els GO terms.
Natalia Mingorance García 3r Biologia – UdG UNYBOOK: nattymg23 BIOINFORMÀTICA APLICADA Problemes de l’anotació. Molts cops tocarà revisar aquest coneixement generat, les implicacions d’aquelles seqüències s’han de revisar. No podem veure com una cosa senzilla una proteïna. Actualitzar el coneixement que tenim.
Natalia Mingorance García 3r Biologia – UdG UNYBOOK: nattymg23 BIOINFORMÀTICA APLICADA El fet de tenir tants termes lligats pot ser confús que no pas explicatiu.
Bases de dades per treballar amb els GO term i nosaltres treballarem amb el QuickGO.
Natalia Mingorance García 3r Biologia – UdG UNYBOOK: nattymg23 BIOINFORMÀTICA APLICADA Natalia Mingorance García 3r Biologia – UdG UNYBOOK: nattymg23 BIOINFORMÀTICA APLICADA Diapo 18...
GOterms associats a diferents components o categories, característiques. El símbol si el seleccionem es guarda a la cistella i després es pot tornar a accedir.
Natalia Mingorance García 3r Biologia – UdG UNYBOOK: nattymg23 BIOINFORMÀTICA APLICADA descripció més detallada  WikiPage GOslim és la relació taxonòmica, per exemple amb un proteoma pots fer Goslim i tot el que has analitzat quins termes GO apareixen i quina és la seva freqüència d’aparició.
Classificació jerarquitzada on cada GOterm té termes GO interns. Si una proteïna s’associa a un terme Go, els ancestres d’aquest terme també estaran associats per Natalia Mingorance García 3r Biologia – UdG UNYBOOK: nattymg23 BIOINFORMÀTICA APLICADA aquesta proteina.
En gris tenim el ancestre, per sobre el GO term associat... tipus de relacions en fletxes de colors.
L’actina és una proteïna estructural i, per tant, no està associada a cap regulació.
De la mateixa manera que podem escalar als GO term podem anar al Child Term. On veiem tots els GOterm descendents associats.
Natalia Mingorance García 3r Biologia – UdG UNYBOOK: nattymg23 BIOINFORMÀTICA APLICADA Proteïnes que tenen associat aquest GOterm Cliquem al primer producte: http://www.uniprot.org/uniprot/A0A010Q999 descripció de la proteïna i els go term associats.
Pestanya interessant. Treballem el GO term i podem veure amb quina probabilitat es relaciona amb altres GO terms.
Natalia Mingorance García 3r Biologia – UdG UNYBOOK: nattymg23 BIOINFORMÀTICA APLICADA La primera entrada és ell mateix (100% dels casos quan apareix ell és el primer).
El seguent és la regulació de l’actina. Amb un Go term associat apareix en un 33% dels casos.
Podem establir les relacions que hi ha entre ells.
Proteïnes que estan associades al nostre GO term i a qualsevol dels seus GO term descendents, ja que si el contenen per força han de contenir el Go term principal.
Podem mirar més característiques clicant als items, es pot filtrar i descarregar. Display options a la dreta. De la pestanya de protein annotation.
Per últim, si anem enrere, https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/GSearch?q=actin Veiem les proteïnes que tenen la paraula que hem cercat. Proteïnes sense revisió a la pestanya protein i a la seguent pestanya si estan revisades (UniProtKB/Swiss-Prot) ...

Tags:
Comprar Previsualizar