5) Tema 4 (2012)

Apunte Catalán
Universidad Universidad Rovira y Virgili (URV)
Grado Bioquímica y Biología Molecular - 2º curso
Asignatura Bioinformática
Año del apunte 2012
Páginas 2
Fecha de subida 18/01/2015
Descargas 14
Subido por

Vista previa del texto

03-05-2012 TEMA 4 ALINEAMENT ENTRE 2 SEQÜÈNCIES Veure els programes que fan el alineament entre 2 seqüencies:  Dos tipus d’alineaments: - Global: alinear la llargada de les dues seqüències.
- Local: busquem quines regions poden alinear-se.
Segons quines siguin les condicions utilitzarem un alineament local o global.
3 tipus de canvis en el DNA: (diapo 28) 1) Substitució: Canvi de un per l’altre.
2) Inserció: Si l’inserció és múltiple de 3 no fa canviar la pauta de lectura que ve a continuació (només li faltaria un tros).
3) Deleció.
INSERCIÓ + DELECCIÓ = INDEL En dos seqüències alineades que tinguem GAPS no sabrem si hem tingut una inserció o una deleció.
Sistema per quantificar un alineament.
Agafem tot els alineaments possibles, totes les puntuacions i el que tingui la puntuació més alta seria un alineament òptim.
Pairwise (diapo 31) Hi ha molts alineaments que són teòricament possibles, però que són absurds.
ebi.ac.uk  esta en el moodle (enllaços tema 4) Peguem 2 seqüències i li donem a more options. Hi ha paràmetres relacionats amb les puntuacions, si no sabem quin posar, ho deixem per defecte. Li donem a SUBMIT.
Dóna el resultat, i a baix tenim alineament. Es poden comparar un amb l’altre.
:  similitud ·  diferència |  match A dalt: Similarity: 51’8% Identitiy: 49,3% Si és per exemple del 10% la semblança és deguda a l’atzar. Ens hem de fixar en els % ebi.ac.uk LALIGH  Té una sortida gràfica 1) Matcher (EMBOSS): un únic alineament local (el millor).
% Similarity: 96% % Identity: 96% 2) T’ensenya un alineament però pots demanar més. Hi ha més d’un i me’l mostra més a baix.
3) Té una sortida gràfica.
...