TEMA 3.1 ALINEACIÓN DE SECUENCIAS POR DOT-PLOT (2016)

Apunte Español
Universidad Universidad Autónoma de Barcelona (UAB)
Grado Biología - 3º curso
Asignatura Bioinformática
Año del apunte 2016
Páginas 3
Fecha de subida 25/04/2016
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APUNTES REALIZADOS CON EL MATERIAL VISTO EN CLASE Y LAS ANOTACIONES DEL DOCENTE

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BIOINFORMÀTICA Tania Mesa González 3º CURS BIOLOGIA UAB TEMA 3: ALINEACIÓN DE SECUENCIAS II; Dot-Plot.
ALINEAMIENTO DE SECUENCIAS DOT-PLOT: Dotlet  aplicación de Java que permite realizar dot-plots de manera intuitiva.
- http://myhits.isb‐sib.ch/cgibin/dotlet Dot-plot  es un gráfico que permite comparar dos secuencias biológicas e identificar regiones de identidad o similitudes entre ellas.
- Se pueden poner en manifiesto todos los emparejamientos posibles.
- Cada diagonal es un posible alineamiento global o local entre las secuencias.
- El gráfico de DaotPlot  es una matriz de puntos donde cada punto es una unidad de identidad entre dos secuencias.
ESTRATEGIAS PAR CONSTRUIR UNA MATRIZ DE PUNTOS: 1. Número mínimo de coincidencias exactas (Woedmatch dotplot)  No se aceptan ambigüedades.
 Se usa una palabra o ventana de tamaño n  Word size n.
 Programa Dottup de EMBOSS  http://emboss.bioinformatics.nl/ 2. Desplazamiento de una ventana y aceptación de ambigüedades (Thereshold dotplot).
 Ventanas de tamaño mínimo.
 Astringencia del método  restricción, puntación mínima.
 Programa dotmatcher de EMBOSS  http://emboss.bioinformatics.nl/ Dot-Plot Desplaza una región de un tamaño dado (window) a lo largo de la secuencia y calcula el número mínimo de coincidencias (astringencia).
- Astringencia = “0”  es similar al método Word size, no se aceptan ambigüedades.
 Window/Astringencia: a) Para proteínas  w30 /astringencia 10-11.
b) Para nucleótidos  w20-22 / astringencia 14-15.
 Word size: a) Para proteínas  2 o 3.
b) Para nucleótidos  6 o 8.
Utilidades del Dot-Plot: 1. Comprar secuencias muy grandes de DNA  genomas completos.
2. Detección de inversiones, duplicaciones, inserciones den genomas completos o cromosomas.
3. Detección de motivos en el DNA que contengan secuencias invertidas, palindrómicas o repetidas como terminadores de transcripción, telómeros, etc.
4. Detección de intrones y exones en una secuencia genómica eucariota.
5. Identificación de regiones con baja complejidad informacional en una secuencia.
6. Detección de dominios repetidos conservados en proteínas.
7. Detección de mutaciones que desplazan el marco de lectura en una secuencia de DNA.
El Dot-Plot es la herramienta visual más útil para comparar secuencias grandes de DNA: - Detecta reordenamientos genómicos - Detecta regiones de transferencia horizontal.
El Dot-Plot permite comparar diferentes secuencias para saber dónde están los intrones y exones por ejemplo, pero también pueden detectar regiones repetidas en una misma secuencia.
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