7) BLAST (2012)

Apunte Catalán
Universidad Universidad Rovira y Virgili (URV)
Grado Bioquímica y Biología Molecular - 2º curso
Asignatura Bioinformática
Año del apunte 2012
Páginas 4
Fecha de subida 18/01/2015
Descargas 13
Subido por

Vista previa del texto

16-05-2012 Exercici del Blast.
Tenim una sequencia de DNA que apareix en el llibre Jurassic Park.
“Recuperen fossilitzats en ambar mosquits que havien picat a dinosaures i contenien el DNA. Per tant extreien el DNA dels mosquits i els clonen, revivint els dinosaures. “ Aquest DNA suposadament de Dinosaure és realment un DNA de dinosaure? S’hi assembla? Ho comprovarem mitjançant el BLAST fent una comparació amb un ADN de dinosaure.
Per començar obrim la pàgina del BLAST i per tal de comparar la seqüència i trobar similituds amb una seqüència que es trobi en qualsevol base de dades hem anat a nucleotide BLAST.
Hem copiat la seqüència dintre del requadre i hem seleccionat que busqui a OTHERS, degut a que no volem només Humans.
Cliquem BLAST i esperem el resultat: el que ens mostrarà és un gràfic amb colors i una taula endreçada segons el % d’identitat dels alineaments que tinguem. L’alineament que es correspon tindrà un percentatge d’identitat molt alt.
El % d’identitat més alt veiem que és un vector de clonació. Si fessim un dotplot del vector de clonació i la seqüència de dinosaures veiem que coincideixen bastant, i per tant el DNA suposat no és un DNA original de dinosaure, sino un DNA del factor de clonació.
A la segona part de l’exercici a part de buscar similituds traduirem la seqüencia amb la intencio de trobar “missatges ocults”.
El BLASTX ens permetrà traduir la seqüència.
Les zones que apareixen en minuscules son zones de baixa complexitat; són zones amb diverses repeticions dels mateixos aminoàcids, i se’n diuen zones de baixa complexitat, i el que se sol fer es filtrar aquestes zones abans de fer el BLAST perquè aleshores no ens apareguin. Si tenim una zona amb moltes G’s pot ser que la semblança es degui a que només hi ha una repetició atzarosa en una altra seqüència. Per això el BLAST no les té en compte i no les selecciona, les deixa en gris, ja que així evita buscar similaritat per aquests motius.
...