Microbiologia II Temes 1-2 Generalitats (2015)

Apunte Catalán
Universidad Universidad de Barcelona (UB)
Grado Farmacia - 3º curso
Asignatura Microbiologia II
Año del apunte 2015
Páginas 6
Fecha de subida 19/03/2016
Descargas 14
Subido por

Vista previa del texto

Tema 1 La microbiologia sistemàtica Classificació de bacteris Pleomòrfics: un microorganisme (mo) que pot adoptar diferents morfologies.
Bacteris: cèl·lules procariotes, es reprodueixen per fissió binaria. Hi han moltes formes diferents Virus: els més petits, necessitem microscopi electrònic. No es repliquen per si mateixos, paràsits intracel·lulars obligats. Virus animals, virus vegetals, virus bacteriòfags (que infecten bacteris).
Fongs: fongs son cèl·lules eucariotes.
-Fongs filamentosos (la colònia es diu floridures, com el Penicilium) Es reprodueixen per espores asexuals.
-Fongs no filamentosos: son els llevats. No son filaments, son amples al centre y estrets als extrems. Es reprodueixen per gemmació.
Hi ha un registre de cianobacteris antics al estromatòlits (roques en ambients aquàtics) els carbonats que sintetiza pel CO2 que capta, precipiten i formen el registre fòssil (la roca estromatòlit).
Els bacteris tenen molta més diversitat, fins hi tot entre 2 individus de la mateixa espècie hi ha grans diferencies, el material és genètic molt divers.
Origen de cèl·lules eucariotes: teoria endosimbiotica. Endosimbiosis entre 2 bacteris, un de gran que perd la paret i un de petit que hi entra. Es crea una associació endosimbiotica. Cloroplast y mitocondri. Els dos orgànuls tenen material genètic diferent al de el nucli de la cel gran. La familia que va originar els mitocondris es un alfa-proteobacteri. Durant el temps ha perdut molt gens i moltes funciones i per això es difícil de determinar l'origen concret dels mitocondris.
Arquees: sols es troben en ambients molt extrems, son les mes antigues per tant es logics. Pot ser util per a tecnologia industrial (TAC polimerasa) En la seqüenciació del gen ribosomal 16S rRNA (que esta present en tots els bacteris).
Taxonomia: ordena els organismes en taxons. En bacteris el taxò basic es l’espècie.
Domini-phylum-clase-ordre-familia-genere-especie. Les especies sempre segueixen el gènere binomial de Linné. El primer nom es del de gènere i el segon el epítet. Epítet fa referencia a una característica del microorganisme.
Els ordres acaben amb el sufix -als i la familia amb -aceae.
Per sota d’espècie hi han mes subcategories: subespecie, biovar, serovar. Subsp. bv. sv.
Biovar: probes bioquimiques. Serobar: antigens.
Classificacions: fenètica (biologica), molecular (material genetic) o filogenentica (depenent del parentesc).
-Fenetica: es la mes tradicional, basada en Linne. No n'hi ha prou en la morofologia per a clasificar els bacteris. Morfologia, tincio de Gram, presencia de flagels, esporuladors i la localitzacio de la espora, font d'energia, tipus de respiracio, font de carboni i energia (altres suplements), habitat, hoste.
S'ha de fer la transformació dels resultats taxonòmics en números, això ho fa la taxonomia numèrica. Totes les característiques han de tenir el mateix pes, cap es mes important que una altra. Totes les probes han de ser cultius purs, evitar cultius mixtes.
100 o 200 probes per cada soca. Evitar caràcters redundants (es immòbil vs es mòbil).
S'han d'incloure soques de referencia. Per cada proba tindrem un resultat positiu o negatiu, i per transformar-ho en números apliquem formules matemàtiques que comparen per parelles. El coeficient d'aparellament indica quant de semblant son els dos mo que es comparen. Dendrograma es el gràfic de similituds de les soques.
-Taxonomia molecular: treballa amb el material genètic. Es una tècnica més precisa i ràpida. Proteïnes del citoplasma. Determinar el % de G+C. Hibridar el genoma de dos microorganismes i veure el % d’hibridació, si dos microorganismes són molt semblants el % d’hibridació serà elevat, més de 70% la hibridació es elevada i els dos microorganismes per tanyen a la mateixa espècie, inferior a 70% no es diu que hi ha poca hibridacio i els 2 mo son d’espècies diferents. Seqüenciació del gen 16S rRNA ribosomal y gens conservats (que codifiquen per a enzims impresindibles per la vida del bacteri), estudiar la part del genoma que conte els gens conservats.
-Classificació filogenètica: relacions evolutives. Estudi de gens molt conservats, que no acumulin mutacions ni cap canvi, son els cronometres moleculars, premisses: ha de ser de distribució universal, ha de tenir la mateixa funció per tots els mo, seqüencies molt conservades, no pot haver recombinació (transferència horitzontal), s'ha de utilitzar la suficient quantitat de gen amb la suficient informacio per a fer els estudis.
1-obtencio de les seqüencies del cromosomes moleculars i comparar les bases de les seves seqüencies----> alineament múltiple de seqüencies. Han de tenir una petita regio variable per a poder diferenciar les relacions evolutives.
2-Escollir el millor model que explica els canvis que estem observant, formules matematiques que ens ho expliquen. El model mes senzill es el de Jukes-Cantor i diun que la probabilitat de que una A pasi a T,C o G es del 33%, pero no es cert ja que depenent del ponts d'hidrogen no es igual trencar 3 o 2 ponts de hidrogen. Els metodes de reconstruccio d'arbres es basen en distancies o en les seqüencies de bases. Els arbres de distancies segueixen els metodes UPGMA o el de Neighbor-Joining, els arbres de caracters segueixen els metodes de maxima versemblancia i el inferencia bayesiana. Al final obtindrem un graficc, un arbre filogenetic: a la dreta els taxons habituals i explica de dreta a esquerra quin es l'ancestre comu dels taxons habituals. Arbre genic 1 gen, arbre concatenat varis gens.
Filogenomica: arbre filogenètic de tots els gens conservats del pangenoma.
Els arbres filogenètics amb arrel indica l'ensencestre comú. Els sense arrels no ho indiquen.
Espècie: es defineix en base a las característiques fenotípiques y genotípiques (o moleculars). Grup de soques que tenen un alt grau de similitud entre elles y que es poden diferenciar d'altres grups de soques. Quant el % es superior al 70% o temperatura del fusió es inferior a 5% es diu que pertanyen a la mateixa espècie; també la seqüenciació de gens conservats superior al 96-97%. Hi han especies que tenen hibridació del 80%, però al 16S es inferior al 96% (o al reves)---> amb aquestes contraindicacions s’està revisant que fer per a fer una bona definicio d'especie, aquestes dues probes no son suficients, s'han de fer estudis polifàsics.
Soca: agrupació de bacteris que venen d'un mateix clon (una mateixa celula mare, amb el mateix material genètic).
Quant es troba una soca que no pertany a una espècie coneguda, es fan tràmits per a poder definir-la.
La soca tipus serveix moltes vegades per poder fer estudis d’identificació, al costat del nom de l'especia te una lletra T. Per definir una nova especia ha d'estar a dos col·leccions tipus.
Manual de Bergey's.
Tema 2: conceptes de patenogenicitat Microorganismes que formen part de la microbiota normal. Quines parts del cos son esteris i quines hi ha microbiota normal?. Sang i tots els fluids son estèrils, així com es òrgans y els teixits. A la pell hi han mo, al tracte digestiu sobretot a la boca, pocs a l’estomac, a l’intestí (sobretot al colon que te pH neutre), a la conjuntiva, a les vies respiratòries i a la faringe, però les vies respiratòries inferiors son estèrils, el tracte urinari es estèril excepte la uretra, als genitals sols hi ha mo a la vagina.
Microbiota permanent: està present de forma normal en X part del cos, si hi ha algun canvi es torna a restaurar, cada persona te una microbiota normal permanent que pot ser diferent (depen de dieta, edat, defenses). La microbiota transitòria predomina molt a la pell, son mo que no formen part de la microbiota permanent.
Simbiosi: home sera l'hoste que es el organisme mes complex.
Comensalisme: hoste no li afecta, mo es veu beneficiat com a comensal.
Mutualisme: benefici mutu de hoste i mo. Augmenten les defenses, milloren la digestió, components essencials, tractaments de malalties, pacients en immunosupressors Parasitisme: el mo es veu beneficiat però perjudica a l'hoste. Parlem de bacteris patògens, els que causen malaltia.
Patogen estricte: la seva presencia sempre esta associada a malaltia. M. tuberculosi, no formen part de la microbiota normal, son de origen exogen.
Patogen oportunista: pot formar part de la microbiota normal i si baixen les defenses o se'n va a un lloc estèril, pot causar una malaltia. Pot haver traumatismes o intervencions que fan que un o de la pell passi a l'interior del cos. També son degudes a tractaments antibiòtics d'ampli espectre. El seu origen tambe pot ser exogen o endogen.
La malaltia pot ser una desviació de la salut d'una part del cos, o de tot el cos.
Patogenicitat: grau o magnitud de dany que produeix el patogen en el cos. Depèn de molts factors: genèticament es pot ser mes resistent a les malalties o mes sensibles, estat immunològic, nombre de patògens també influeix en que es produeixi la malaltia.
Factors de patogenicitat o de virulència: son les substancies que produeixen el dany a l'hoste Virulència, grau o magnitud de la malaltia: pot ser poc o molt virulent, la virulència depèn de si pot invair teixits (invasivitat), infectivitat (núm. de mo necessari per a produir la infecció), potencial patogènic (quants factors de virulència necessita per a produir la infecció).
La virulència es pot calcular: DL50 dosi letal 50: dosi per matar el 50% dels hostes.
DI50 dosi infectiva 50: dosi per infectar 50% dels hostes.
Etiologia: estudia la causa, l'agent etiologic es el mo que causa la malaltia.
Infecció es la multiplicació de mo (no patògens necessàriament) en un hoste. Quan es produeix un dany es produirà la malaltia i hi haura malaltia infecciosa. Si no hi ha dany, direm que hi ha colonització y serà un mo sapròfit.
Un mo patogen ha de tenir un reservori, el lloc on viu entre infeccions. El lloc pot ser animat o ambiental. Vies principals de contagis a l'hoste, son les fonts d’infecció. En persones es important com a font d’infecció les persones portadores: poden ser portadors actius (persona malalta que pot ser la font d’infecció d'altres persones), portador convalescent (a superat la malaltia s’està recuperant però encara esta eliminant el mo patogen), portador sà o asimptomatic (no tenen símptomes però esta contagiant a altres persones), en incubació (fins que apareixen els primers símptomes hi ha un període de incubació on també poden propagar el mo).
Els fomits son objectes inanimats que poden tenir mo (boligraf, telefon, paper), hi estan un temps limitat.
Les llàgrimes i la saliva contenen lisozima que destrueix bacteris G+. pH àcid de l’estomac, bilis.
La boca per aire o aliments entren molts mo. Conjuntiva. tracte respiratori. Tracte urinari. Xeringues. Vectors hematòfags. Traumatismes.
Per adherir-se cada patogen te un component estructural, cada patogen té la seva adhesina especifica per a unir-se a la part del cos. Fímbries: al seu extrem hi han glicoproteïnes que ajuden a adhesió de teixits.
Eliminació dels mo: fagocitosi. Un procés que te acció sinèrgica si actua juntament amb el sistema de complement i anticosos. La vacuola que entra dins del fagòcit amb el mo s'anomena fagosoma. El fagosoma s'ha de fusionar amb estructures del citoplasma (lisosomes que contenen enzims que lisen el mo i es forma la vacuola digestiva). Es van formant compostos d'oxigen letals que van destruint els mo (explosió respiratòria).
Mecanismes passius d’invasió: entren per obertures naturals dels teixits.
Endotoxines: son components del propi bacteri que sols actua quan el bacteri mor, a la mort es quant s'allibera i te activitat tòxica. Lipopolisacarid es el mes habitual, sobretot la fracció del lípid A. Es una toxina termostable. Un del seus principals símptomes es la febre. La seva toxicitat no sol ser greu, pero no genera inmunigeneicitat (no tenim vacunes).
Exotoxina: proteïnes de G+ com G-. Son làbils, a 60-80 graus es poden inactivar. tenen un lloc específic d’acció (enterotoxines, neurotoxina) Son de simptomatologia greu, pero donen immunogeneicitat i es poden fer vacunes. Les vacunes es fan amb toxines inactives (toxoides). Produeixen simptomatologia especifica, però poques vegades febre. Es produeixen mentre el bacteri es multiplica i esta viu. (antibiòtic i antitoxina).
4 tipus d'exotoxina: exotoxines formadores de porus (el citoplasma surt, entra aigua i peten les celules); exotoxines amb acció enzimàtica (fosfolipasa, etc); exotoxines tipus AB (subunitat A es la que te acció catalítica, efecte toxic, subunitat B s'uneix al receptor especific de la cèl·lula que produirà el dany, la sub A penetra dins de la cel); exotoxines superantigens (en contacte amb cel d'histocompatibilitat 3, activen de forma masiva els limfos T, que produiran un excés de citoquines i que produirà un xoc sèptic i mort la persona).
...